ЛАБОРАТОРИЯ МОЛЕКУЛЯРНОЙ ЭПИДЕМИОЛОГИИ ВИРУСНЫХ ИНФЕКЦИЙ

Заведующий лабораторией д.б.н., профессор Новикова Надежда Алексеевна

Лаборатория молекулярной эпидемиологии вирусных инфекций является приемником и продолжателем научных исследований, начатых Т.М Турчиной и А.С. Анцуповой. В 1956 г. под руководством к.м.н. Т.М. Турчиной была организована лаборатория полиомиелита, проводившая вирусологическую диагностику полиомиелита, расследование вспышек полиомиелита, изучение эффективности живой и убитой вакцин, участвовала в организации вакцинации против полиомиелита.
С 1964 г. начинается изучение полиомиелитоподобных заболеваний и неполиомиелитных энтеровирусов, лаборатория получает новое название - лаборатория энтеровирусных инфекций.
В 1969 г. коллектив возглавила д.м.н. А.С. Анцупова. К прежним научным направлениям присоединяется работа по исследованию роли энтеровирусов при острых миокардитах и совершенствованию методов диагностики энтеровирусных инфекций. В 80-х гг. ХХ века начинается изучение ротавирусной инфекции, осваиваются молекулярно-генетические методы изучения вирусов и диагностики кишечных вирусных инфекций.
В 1992 г. на базе лаборатории было создано самостоятельное научное подразделение - лаборатория молекулярной диагностики вирусных инфекций, ныне лаборатория молекулярной эпидемиологии вирусных инфекций, которую с момента основания возглавляет д.б.н., профессор Надежда Алексеевна Новикова. В 2008 г. на базе лаборатории созданы Приволжский региональный научно- методический центр по изучению энтеровирусных инфекций и республиканский Референс-центр по мониторингу за энтеровирусными инфекциями.

Основные научные направления лаборатории:

- Разработка молекулярно-генетических методов обнаружения и дифференциации кишечных вирусов: ротавирусов, энтеровирусов, калицивирусов, парэховирусов, астровирусов, аденовирусов и др.

- Изучение генетической и антигенной вариабельности ротавирусов и особенностей их циркуляции на различных территориях России.

- Изучение эпидемилогии ротавирусного гастроэнтерита и внутренних механизмов развития эпидпроцесса на молекулярном уровне.

- Этиологическая расшифровка диарейных заболеваний при спорадической заболеваемости и вспышках кишечных инфекций.

- Изучение генетической вариабельности энтеровирусов человека, обнаруживаемых у больных с различной патологией и их филогенетических взаимосвязей.

Основные научные достижения лаборатории:

1. Разработаны методики обнаружения кишечных вирусов с использованием ОТ-ПЦР и их генотипирования: электорофоретипирование РНК ротавирусов в ПААГ, определение G-серотипа и Р-генотипа ротавирусов, геногруппы энтеро- и калицивирусов на основе ОТ-ПЦР, определение типа и штаммовых характеристик вируса путем секвенирования участков генома.

2. Впервые охарактеризованы генетические варианты и антигенные типы (G[P] типы) ротавирусов человека, распространенные на территориях России.

3. Впервые установлены закономерности смены доминирования антигенных типов ротавируса, определяющей циклический характер проявлений эпидпроцесса и рост заболеваемости РВГЭ. Установлено существование взаимосвязи клинических проявлений ротавирусной инфекции с антигенным типом вируса и фазой развития эпидпроцесса.

4. При выявлении двенадцати кишечных вирусов, относящихся к восьми семействам, показана ведущая роль в этиологии острых кишечных заболеваний у детей вирусных агентов, доля которых может достигать 71,2%. Основное место в этиологической структуре вирусных острых кишечных инфекций у детей в 2006-10 гг. (в виде моно- и микст- инфекций) заняли ротавирусы (58,2%), норовирусы (25,6%), энтеровирусы (12,5%), аденовирусы (12,0%) и парэховирусы (10,2%), доля других вирусов составила 8%. Расширение спектра выявляемых вирусов, относительно регламентируемого, позволяет дополнительно установить этиологию 15-25% случаев острых кишечных заболеваний у детей.

5. С использованием молекулярных методов анализа показано генетическое разнообразие ротавирусов (38 геновариантов, 6 серотип/генотипов, доминирование G4P[8]), норовирусов (10 генотипов, преобладание GII.4), энтеровирусов (15 серотип/генотипов - ЕСНО30, Коксаки А16 и др.), аденовирусов (две геногруппы, 5 серотип/генотипов), парэховирусов (4 типа, доминирование типа 1). Зафиксирована смена доминирующего антигенного типа ротавируса и эпидемических вариантов норовируса, которая сопровождалась ростом заболеваемости детей острым гастроэнтеритом.

6. Изучение парэховирусов, циркулирующих в России, проведенное впервые, показало их значимость как при спорадической, так и при вспышечной заболеваемости ОКИ, что обосновывает необходимость разработки тест-системы для их выявления.

7. В ходе молекулярно-генетического мониторинга циркуляции энтеровирусов и вирусов, ассоциированных с острым гастроэнтеритом установлен спектр неполиомиелитных энтеровирусов, обнаруженных при обследовании больных с различной патологией (ОКИ, серозный менингит герпангина, ОРЗ): вирусы Коксаки А2, А4, А9, А16, А22; Коксаки В4,5; ЕСНО4, 6, 18, 19, 25, 30; ПЭВ 1-го типа.

8. Разработан и апробирован алгоритм для обнаружения и молекулярно-генетической характеристики полиовирусов, позволивший определить соотношение полиовирусов различных серотипов в образцах биоматериала, содержащих ЭВ геногруппы II (ПВ1:2:3:mixt – 4,8%:45,2%:23,8%:26,2%, соответственно).

Сотрудниками лаборатории защищены 1 докторская и 3 кандидатские диссертации; получено 2 авторских свидетельства и 4 патента на изобретения; опубликовано более 100 печатных работ.

Внедрение в практику результатов НИР:

1. Методические указания МУ 3.1.1.2957-11 «Эпидемиологический надзор, лабораторная диагностика и профилактика ротавирусной инфекции».
2. Методические указания МУ 3.1.1.2969-11 «Эпидемиологический надзор, лабораторная диагностика и профилактика норовирусной инфекции».
3. Аналитический обзор «Норовирусная инфекция: этиология, эпидемиология, диагностика».
4. Аналитический обзор «Энтеровирусы у детей с гастроэнтеритом».
5. Аналитический обзор «Парэховирусы человека: молекулярно-биологическая характеристика, значимость в инфекционной патологии».
6. Информационно-методическое письмо «Пейзаж неполиомиелитных энтеровирусов, циркулирующих среди населения ПФО».
7. Научный отчет «Этиологическая расшифровка вспышек и эпидемических подъемов заболеваемости энтеровирусными инфекциями в 2008-10 гг.» (по материалам работы референс-центра по мониторингу за энтеровирусными инфекциями).

Список наиболее значимых публикаций за последние 5 лет:

1. Новикова Н.А., Федорова О.Ф., Епифанова Н.В., Чупрова А.Б. G[P] типы ротавируса группы А человека и их распространение в г. Нижнем Новгороде и г. Дзержинске в период 1997-2005 гг. // Вопросы вирусологии, 2007, №.3, С. 19-23.
2. Епифанова Н.В., Голицына Л.Н., Луковникова Л.Б., Новикова Н.А. Спектр кишечных вирусов, выявляемых у детей с гастроэнтеритом // Вестник Российской Военно-медицинской академии, 2008, приложение (часть II), 2(22), C. 550.
3. Луковникова Л.Б., Епифанова Н.В., Новикова Н.А. Эпидемиологическая и клиническая характеристика норовирусной инфекции у детей Нижнего Новгорода и Нижегородской области // Вестник Российской Военно-медицинской академии, 2008, приложение (часть II), 2(22), C. 553-554.
4. Новикова Н. А., Пономарева Н. В., Новиков Д. В., Прилипов А. Г., Епифанова Н. В., Голицына Л. Н. Анализ последовательности гена NSP4 ротавирусов группы А, изолированных в Нижнем Новгороде // Вопросы вирусологии. 2008 г. № 5. С. 35-39.
5. Точилина А. Г., Новикова Н. А., Соколова К. Я., Соловьева И. В., Белова И. В., Иванова Т. П., Луковникова Л. Б., Голицына Л. Н. Индикация и идентификация бактерий рола Lactobacillus с использованием полимеразной цепной реакции // Журн. микробиол. 2008. №3. С. 69-73.
6. Онищенко Г. Г., Новикова Н. А., Ефимов Е. И., , Княгина О. Н., Петров Е. Ю., Новиков Д. В., Голицына Л. Н., Осипова Т. В., Окунь И. Н., Калашникова Н. А., Липшиц Д. А., Грачева Е. В., Епифанова Н. В., Климова Л. Л., Луковникова Л. Б., Фомина С. Г., Ершов В. И., Погодина Л. В. Сезон энтеровирусного серозного менингита в Нижнем Новгороде в 2007 году: молекулярно-эпидемиологические аспекты // Журн. микробиол. 2009. №2.
7. Фомина С. Г., Голицына Л. Н., Новикова Н. А., Епифанова Н. В., Луковникова Л. Б., Парфенова О. В. Молекулярно-генетическая характеристика энтеровирусов человека, обнаруженных у детей с гастроэнтеритом в Нижнем Новгороде // Медицинский альманах. 2009. № 2(7). С. 121-123.
8. Луковникова Л. Б., Епифанова Н. В., Новиков Д. В., Новикова Н. А. Генетическое разнообразие калицивирусов человека, обнаруженных у детей с гастроэнтеритом в Нижнем Новгороде // Вопросы вирусологии. 2009. №6. С. 24-28.
9. Епифанова Н. В., Луковникова Л. Б., Новикова Н. А., Голицына Л. Н., Фомина С. Г., Зверев В. В., Пономарева Н. В. Генотипирование в наблюдении за циркуляцией эпидемических вариантов норовирусов // Сборник трудов VII Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Молекулярная диагностика – 2010», под ред. В.И. Покровского. М. 2010. Т. 2. С.334-336.
10. Зверев В. В., Голицына Л. Н., Епифанова Н. В., Фомина С. Г., Луковникова Л. Б., Новикова Н. А. Полимеразная цепная реакция для идентификации парэховирусов человека // Вестник ННГУ им. Н.И. Лобачевского. 2010. № 3. С. 107-111.
11. Епифанова Н. В., Луковникова Л. Б., Голицына Л. Н., Фомина С. Г., Зверев В. В., Пономарева Н. В., Парфенова О. В., Новиков Д. В., Волкова М. А., Новикова Н. А. Этиологическая структура вирусных кишечных инфекций у детей в Нижнем Новгороде // Медицинский альманах. 2010. № 2 С. 233-236.
12. Зверев В. В., Голицына Л. Н., Фомина С. Г., Парфенова О. В., Новиков Д. В.,. Луковникова Л. Б, Епифанова Н. В., Новикова Н. А. Генотипирование парэховирусов методом ПЦР // Медицинский альманах. 2010. № 2. С. 260-262.
13. Луковникова Л.Б., Новикова Н. А., Епифанова Н.В., Волкова М.А., Чупрова А.Б. Значимость калицивирусов в инфекционной кишечной патологии детей Нижегородской области // Здоровье населения и среда обитания. 2011. №2 (215). С. 35-38.
14. Фомина С.Г., Новикова Н.А. Мониторинг циркуляции энтеровирусов среди детей с острой кишечной инфекцией в Нижнем Новгороде в 2006-10 гг. // Медицинский альманах. 2011. №4. С. 28-29.
15. Зверев В.В., Новикова Н.А. Молекулярно-биологические методы идентификации парэховирусов и их разнообразие // Медицинский альманах. 2011. №4. С. 71-73.
16. Голицына Л.Н., Фомина С.Г., Новикова Н.А., Епифанова Н.В., Парфенова О.В., Луковникова Л.Б., Зверев В.В., Пономарева Н.В., Мазепа В.Н., Григорьева Г.И., Ефимов Е.И. Молекулярно-генетические варианты вируса ЕСНО 9, идентифицированные у больных серозным менингитом в России в 2007-2009 г. // Вопросы вирусологии. 2011, №6. С.24-30.

Перечень видов научно-исследовательской деятельности, предлагаемой на договорной основе научным и практическим учреждениям здравоохранения, санэпиднадзора, заинтересованным организациям:

1. Молекулярно-генетическая характеристика вирусов кишечной группы и изучение роли их генотипов в возникновении различных заболеваний:
· G[P] генотипирование ротавирусов;
· Изучение вирусной этиологии миокардитов и неврологических заболеваний;
· Изучение роли энтеровирусов в возникновении острого и хронического панкреатита;
· Изучение спектра кишечных вирусов у здоровых и больных с различной патологией.

2.Разработка системы мониторинга технологического соответствия продуктов питания, обогащенных лакто- и бифидобактериями:
· Изучение геномов промышленных штаммов лакто- и бифидобактерий, идентификация штаммоспецифических генетических маркеров и разработка методов их обнаружения. Результаты исследований позволят в любой ситуации для любых целей идентифицировать Ваш штамм микроорганизма.
· Генетический контроль пробиотических препаратов и продуктов питания на их основе на соответствие технологической документации. Исследование включает определение наличия всех заявленных в составе препарата или продукта видов бактерий родов Lactobacillus и Bifidobacterium в необходимых количествах. Основой для исследования являются оригинальные тест-системы на основе ПЦР, разработанные совместно с лабораторией микробиоценозов и конструирования пробиотиков, а также секвенирование геномов обнаруженных микроорганизмов.

Перечень лабораторно-диагностических услуг, предлагаемых заинтересованным организациям и физическим лицам на договорной основе:

1. Обнаружение и генотипирование вирусов кишечной группы (ротавирусов, энтеровирусов, калицивирусов, парэховирусов, аденовирусов) при групповых заболеваниях и вспышках ОКИ.
Оценка генетической однородности/гетерогенности популяции возбудителя, установление эпидемиологических связей в очагах инфекции позволит быстро расшифровать вспышку ОКИ.

2. Экспресс-диагностика (в течение 1-2 суток) острых кишечных инфекций вирусной природы - ротавирусной, энтеровирусной, калицивирусной, парэховирусной, аденовирусной. Диагностика ротавирусной инфекции может быть проведена в течение 1 часа.
Быстрая диагностика острых кишечных вирусных инфекций, особенно у детей первых лет жизни, позволит назначить адекватную терапию, исключающую применение антибиотиков и позволит избежать дисбактериоза кишечника и аллергических реакций.

3. Этиологическая диагностика таких заболеваний, как острое лихорадочное заболевание, острый миокардит, острый панкреатит, асептический менингит и менинго-энцефалит.
Своевременная диагностика и адекватная противовирусная терапия перечисленных болезней позволят избежать серьезных осложнений и хронизации заболеваний.

Вакансии лаборатории - лаборант на полный рабочий день. Возможно трудоустройство студентов вечернего отделения биологического факультета.

Контактный телефон: (831) 432-97-92 Новикова Надежда Алексеевна